rPCMP: robust p-value combination by multiple partitions with applications to ATAC-seq data

BMC Systems Biology

Table 1 Type I error for rPCMP,GCP,ARTP,TPM and FCT

Methods	m=100	m=200	m=300	m=400	m=500	m=100	m=200	m=300	m=400	m=500
	ρ=0					ρ=0.1
FCT	0.1020	0.0980	0.1110	0.1110	0.1000	0.1210	0.0850	0.0990	0.1170	0.0860
TPM	0.0880	0.0920	0.1010	0.1020	0.1050	0.0980	0.1010	0.1010	0.0920	0.0910
ARTP	0.0770	0.1050	0.0870	0.1160	0.0920	0.1050	0.0980	0.0940	0.0950	0.0910
GCP	0.0880	0.0920	0.0920	0.1130	0.1000	0.0990	0.0930	0.0950	0.0960	0.0940
rPCMP	0.0880	0.1020	0.0800	0.1130	0.0970	0.1020	0.0940	0.0920	0.1010	0.1010
	ρ=0.2					ρ=0.3
FCT	0.1300	0.1160	0.1200	0.1070	0.1140	0.1280	0.1460	0.1300	0.1350	0.1210
TPM	0.1060	0.1060	0.1010	0.0830	0.0930	0.0940	0.1010	0.1000	0.1020	0.0930
ARTP	0.1110	0.1030	0.1020	0.0910	0.0950	0.1000	0.1020	0.0930	0.1100	0.0950
GCP	0.1050	0.1030	0.1060	0.0850	0.1020	0.0970	0.0880	0.0830	0.1010	0.0880
rPCMP	0.1070	0.0970	0.0920	0.0880	0.1080	0.0970	0.0970	0.0870	0.1090	0.0930

ISSN: 1752-0509