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Table 1 The summary of misclassification rates for the four compared methods under different significant levels (α) and proportions of reproducible genes (γ)

From: Quantitative reproducibility analysis for identifying reproducible targets from high-throughput experiments

 

The proposed Method

The copula mixture method [10]

Benjamini & Heller method [9]

The rank product method [8]

 

α=0.1

α=0.05

α=0.1

α=0.05

α=0.1

α=0.05

α=0.1

α=0.05

γ=80%

0.007(0.001)

0.008(0.0012)

0.24(0.0708)

0.271(0.0954)

0.025(0.0022)

0.032(0.0025)

0.197(0.0044)

0.25(0.0036)

γ=60%

0.007(0.0013)

0.008(0.0013)

0.402(0.0022)

0.404(0.0028)

0.022(0.0017)

0.027(0.002)

0.073(0.0031)

0.099(0.0035)

γ=40%

0.005(0.001)

0.006(0.001)

0.568(0.0059)

0.541(0.01)

0.016(0.0017)

0.02(0.0019)

0.02(0.0018)

0.028(0.0021)

γ=20%

0.004(8e-04)

0.004(8e-04)

0.166(0.0026)

0.186(0.0015)

0.01(0.0014)

0.013(0.0015)

0.004(9e-04)

0.006(0.0011)

γ=10%

0.002(6e-04)

0.002(6e-04)

0.058(0.0104)

0.077(0.0075)

0.007(0.001)

0.008(0.0011)

0.002(5e-04)

0.002(6e-04)

γ=5%

0.001(5e-04)

0.001(5e-04)

0.011(0.0038)

0.025(0.0042)

0.004(9e-04)

0.005(0.001)

0.001(4e-04)

0.001(3e-04)

γ=1%

0.001(4e-04)

0(4e-04)

0.001(6e-04)

0.002(9e-04)

0.001(7e-04)

0.002(7e-04)

0.001(4e-04)

0(3e-04)