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Table 2 Validation of secondary structure formation order to experimental data when available. Proteins are ordered by protein length as in Table 1

From: Adaptive local learning in sampling based motion planning for protein folding

PDB

Experimental

 

identifier

data

ANC-

ANC-

Cluster

Euclidean

lRMSD

  

local

global

 

1RDV

Unavailable

Same ordering

 

1FCA

Unavailable

Same ordering

 

1PGA

[49]

Y

Y

Y

Y

Y

NUG1

[50]

Y

Y

Y

Y

Y

NUG2

[50]

Y

Y

Y

Y

Y

1SHG

[47, 51]

Y

Y

Y

Y

Y

1NYF

[52, 53]

Y

Y

Y

Y

Y

2SPZ

Unavailable

 

Different orderings

 

2CRS

[28]

Y

Y

Y

Y

Y

1TCP

Unavailable

Same ordering

 

2ADR

Unavailable

Same ordering

 

1R69

Unavailable

Same ordering

 

1COA

Unavailable

Same ordering

 

2CI2

[54]

Y

Y

Y

Y

Y

2KRS

[47]

Y

Y

Y

Y

Y

2CRO

Unavailable

Same ordering

 

2PTL

[55]

Y

Y

Y

Y

Y

1PBA

Unavailable

Same ordering

 

106X

[56]

Y

Y

Y

Y

Y

2ABD

[57]

Y

Y

N

N

N

1YVS

[58]

Y

Y

Y

Y

Y

1BUJ

Unavailable

 

Different orderings

 

1JWE

Unavailable

Same ordering

 

# Agree with Exp. / # Available

12/12

12/12

11/12

11/12

11/12