Recursive regularization for inferring gene networks from time-course gene expression profiles

BMC Systems Biology

Table 2 Results of Simulation 2

		number of time points × number of variables
		20 × 100		20 × 200		20 × 500		20 × 1000		20 × 2000
Method	MC	TDR	SE	TDR	SE	TDR	SE	TDR	SE	TDR	SE
LA	BIC	0.06	0.77	0.05	0.72	0.05	0.69	0.05	0.67	0.05	0.65
LA	AICc	0.08	0.78	0.07	0.76	0.07	0.73	0.06	0.71	0.06	0.69
NEN	BIC	0.08	0.93	0.07	0.94	0.06	0.91	0.06	0.88	0.06	0.84
NEN	AICc	0.12	0.93	0.10	0.93	0.08	0.91	0.08	0.87	0.07	0.83
EN	BIC	0.25	0.91	0.19	0.91	0.15	0.89	0.12	0.85	0.11	0.82
EN	AICc	0.25	0.91	0.20	0.91	0.15	0.89	0.13	0.85	0.11	0.82
REN	BIC	0.74	0.73	0.71	0.70	0.68	0.68	0.65	0.65	0.61	0.61
REN	AICc	0.77	0.75	0.73	0.72	0.70	0.69	0.67	0.66	0.63	0.62
CREN	BIC	0.54	0.82	0.44	0.81	0.33	0.81	0.27	0.78	0.22	0.76
CREN	AICc	0.56	0.82	0.45	0.81	0.34	0.81	0.28	0.78	0.23	0.76
JS-A	-	0.09	0.79	0.05	0.74	0.02	0.75	0.01	0.74	4.7 × 10^-2	0.74
JS-B	-	0.29	0.29	0.19	0.19	0.11	0.10	0.05	0.05	0.03	0.03

ISSN: 1752-0509